Lata stalinizmu i polityka sowietyzacji realizowana przez Bolesława Bieruta miała na celu osłabienie Kościoła od wewnątrz (sprawa "księży-patriotów”, powstanie PAX), wielu księży było więzionych, kilkunastu otrzymało wyroki śmierci. Rozgłośnia Polska RWE informowała szczegółowo o przypadkach aresztowań i terroru wobec księży i Episkopatu. Demaskowano nieprawdziwe informacje nadawane przez media krajowe, informowano o stanowisku i reakcjach Watykanu na represje Kościoła w Polsce. W audycjach Rozgłośni przedstawiano też dokumenty Prymasa Stefana Wyszyńskiego i Episkopatu Polski, które trafiły nielegalnie na Zachód. Najbardziej zaangażowanymi w te sprawy dziennikarzami RWE byli m.in. Aleksandra Stypułkowska, Włodzimierz Sznarbachowski, Czesław Straszewicz, Eugeniusz Romiszewski i Tadeusz Żenczykowski.
RWE szczegółowo informowała o liście biskupów do władz PRL z maja 1953 r., dotyczącym łamaniu porozumień państwa i Kościoła, wreszcie – o aresztowaniu Prymasa Wyszyńskiego (26 września 1953), co – jak wspominał Nowak-Jeziorański – sprawiło, że "polski Kościół stał się w pełnym tego słowa znaczeniu Kościołem Milczenia. Tym większa odpowiedzialność spadała na naszą rozgłośnię”.
Walka z Kościołem nagłaśniana przez Rozgłośnię Polską RWE nasiliła się ponownie w latach 60. w związku z obchodami Millenium. Cenzura w Polsce nie zezwoliła na upowszechnienie głośnego listu biskupów polskich do niemieckich z listopada 1965, z zawartymi w nim słowami: "udzielamy przebaczenia i o przebaczenie prosimy”. Całość listu można było poznać słuchając audycji RWE. Informowano szczegółowo o obchodach milenijnych w Polsce, także dzięki taśmom amatorskim dokumentującymi uroczystości, które przesyłano okólnie do Monachium. Na falach monachijskiej rozgłośni transmitowano także uroczystości poświęcone tysiącleciu chrztu Polski, organizowane na całym świecie, w tym nabożeństwo z bazyliki św. Piotra w Rzymie odprawiane przez papieża Pawła VI.
Pod koniec lat 70. szczególną wymowę miały audycje, poświęcone wyborowi Karola Wojtyłę na papieża w październiku 1978. "Papieski reporter” – Tadeusz Nowakowski, pracujący w RWE od początku istnienia Rozgłośni Polskiej, szczegółowo relacjonował papieskie pielgrzymki na całym świecie, stał się także autorem licznych książek, poświęconych posłudze apostolskiej Jana Pawła II.
W latach 80. RWE nadawało informacje dotyczące roli Kościoła w życiu społecznym po ogłoszeniu stanu wojennego w Polsce i w późniejszych latach stagnacji. Szczegółowo informowało o zabójstwie ks. Jerzego Popiełuszki i procesie oficerów SB, uczestniczących w tej akcji.