Konspiracja podczas wojny
We wrześniu 1939 roku Franciszek Niepokólczycki przystąpił do Służby Zwycięstwu Polski, a następnie do Związku Walki Zbrojnej. To on był dowódcą niezrealizowanego zamachu na Adolfa Hitlera podczas "defilady zwycięstwa" w Alejach Ujazdowskich.
W 1940 roku dowodził Związkiem Odwetu ZWZ (walka bieżąca i sabotaż), później współorganizował Kedyw Armii Krajowej. W 1943 roku został zastępcą komendanta Kedywu (Augusta "Nila" Fieldorfa). W Powstaniu Warszawskim walczył jako szef Wydziału Saperów Oddziału III Komendy Głównej AK. Po kapitulacji trafił do niewoli i do stycznia 1945 roku przebywał w Oflagu II C Woldenberg.
18:57 Archiwum Wschodnie.mp3 "Archiwum PRL" - audycja Grzegorza Sołtysiaka poświęcona losom Franciszka Niepokólczyckiego. (RWE, 7.10.1993)
Konspiracja podczas "pokoju"
Po powrocie do kraju Niepokólczycki zaangażował się w działalność konspiracyjną przeciwko władzom komunistycznym. Od listopada 1945 roku kierował II Zarządem Zrzeszenia "Wolność i Niezawisłość".
Żołnierze Wyklęci - zobacz serwis historyczny
WiN w swym szczytowym okresie działania (lata 1945-1946) skupiał od 20 do 25 tys. członków. Powstał 2 września 1945 roku. Choć miał akowskie korzenie, jego zadaniem nie była walka zbrojna, lecz tajna działalność polityczna. Zrzeszenie stało się głównym celem ataku ze strony komunistycznych służb bezpieczeństwa. W kilka miesięcy po jego założeniu bezpieka aresztowała kierownictwo organizacji z jej pierwszym prezesem płk. Janem Rzepeckim. Do 1948 roku rozbite zostały kolejne zarządy, w tym właśnie II, z płk. Franciszkiem Niepokólczyckim na czele.
Ubecki proces
Franciszek Niepokólczycki został aresztowany w Krakowie 22 października 1946 roku. Po 10 miesiącach przygotowań rozpoczął się proces - typowy stalinowski proces pokazowy, szczegółowo wyreżyserowany przez aparat partyjny, Urząd Bezpieczeństwa i prokuraturę.
W krakowskiej rozprawie sądzono również współpracowników Niepokólczyckiego oraz Stanisława Mierzwę, zastępcę sekretarza naczelnego komitetu wykonawczego PSL, który rok wcześniej sądzony był w Moskwie w procesie 16 przywódców Polskiego Państwa Podziemnego. Proces miał służyć skompromitowaniu ludzi stojących na czele ostatnich niezależnych organizacji - działającego oficjalnie PSL i podziemnego Zrzeszenia WiN.
Płk Jan Niepokólczycki oświadczył przed sądem jedynie: "Nie wysługiwałem się obcym. Jako żołnierz spełniłem rozkaz". Stanisław Mierzwa, choć odciął się od współpracy z WiN, nie chciał zeznawać jako świadek oskarżenia.
10 września 1947 roku zapadł wyrok. Sąd skazał osiem osób na karę śmierci, osiem na długoletnie więzienie, a jedną osobę uniewinnił. Ostatecznie Franciszkowi Niepokólczyckiemu karę śmierci zamieniono na dożywocie. Z więzienia wyszedł w 1956 roku.