Urodziła się w 1929 roku w Brześciu nad Bugiem. Po wrześniu 1939 jej ojciec, oficer Wojska Polskiego, trafił do niewoli niemieckiej. Matka z córkami przeniosła się do Wilna. W czasie wojny Maria Magalińska uczyła się w gimnazjum i szkole średniej, a podczas okupacji niemieckiej na tajnych kompletach. Pracowała w Wilnie jako nauczycielka języka polskiego i rosyjskiego.