Kościół litewski korzysta dotychczas z szerokiej autonomii w ramach RKP, może np. podejmować samodzielnie różne decyzje i organizować po swojemu życie religijne. Jednocześnie prawnie podlega Patriarchatowi Moskiewskiemu, który zatwierdza najważniejsze posunięcia LKP.
Swój krok, zmierzający do pełnego uniezależnienia się od Moskwy, metropolita Innocenty nazwał historycznym. Jego zdaniem niezależność odpowiadałaby statusowi jego Kościoła, gdyż jego kierownictwo rozstrzyga samodzielnie wiele ważnych spraw. „Kościół nasz pochodzi nie z Moskwy czy z Rosji, ale z Litwy. Nie mając powiązań finansowych z Patriarchatem Moskiewskim utrzymujemy kanoniczne i modlitewne stosunki z Kościołem macierzystym i pozostajemy wierni tradycyjnej rosyjskiej pobożności prawosławnej” – stwierdził w swym oświadczaniu zwierzchnik LKP.
Sobór Biskupów ma pełnomocnictwa do nadania Kościołowi statusu niezależności, ogłaszając tzw. „dekret zgody”.
Po wybuchu wojny na Ukrainie Innocenty najpierw ostro ją potępił, podkreślając przy tym, że Litwa to nie Rosja i że panuje w niej demokracja i wolność. Później jednak zmienił zdanie i np. zwolnił kilku duchownych, którzy proponowali oderwanie się od Moskwy i byli gotowi przejść pod jurysdykcję Patriarchatu Konstantynopola. Również wielu szeregowych księży LKP skrytykowało najazd Rosji na Ukrainę i potępiło poparcie agresji przez RKP.