Während des Warschauer Aufstands 1944 wurden alle seine Kompositionen bei einem Brand zerstört. Die Jahre der deutschen Besatzung verbrachte er in Warschau und nahm an zahlreichen künstlerischen Veranstaltungen teil, unter anderem im Klavierduett mit Witold Lutosławski. Er komponierte unter anderem die "Tragische Ouvertüre" für Orchester und die Musik zu einem der bekanntesten Aufstandslieder, "Warszawskie dzieci" (Warschauer Kinder).
In den späten 1940er Jahren schuf Panufnik modernistische Werke wie "Kołysanka" für 29 Streichinstrumente und zwei Harfen sowie "Nokturn" für Orchester, die ihm den Status eines führenden polnischen Komponisten einbrachten.
Die kommunistischen Behörden nutzten Panufnik zunächst als Aushängeschild der polnischen Musik im Ausland, begannen jedoch bald, seine Werke zu kritisieren, da sie nicht den Anforderungen des Sozialistischen Realismus entsprachen. Unter politischem Druck entschied sich Panufnik, das Land zu verlassen. Im Juli 1954 erklärte Panufnik auf einer speziellen Pressekonferenz in London seine Entscheidung:
„Der Hauptgrund war, dass man mich zu politischer Tätigkeit zwang. Ich befand mich in einer Situation, die meiner kreativen Arbeit nicht förderlich war. Als Folge dieser vier Jahre andauernden Situation wurde meine schöpferische Arbeit völlig unmöglich.“
Als Vergeltung erließen die Behörden der Volksrepublik Polen ein Verbot der Aufführung und Veröffentlichung von Panufniks Werken sowie der Erwähnung seines Namens in Publikationen, Radio- und Fernsehsendungen.
Von polnischer Kultur durchdrungen
Trotz seiner vielen Jahre im Exil blieb Panufniks Musik stets mit Polen verbunden. Dies betonte er in einem Interview mit dem Polnischen Rundfunk 1990, als er nach 36 Jahren erstmals wieder in seine Heimat zurückkehrte:
„Es wird wohl nicht unbescheiden sein zu sagen, dass auch ich, obwohl ich mich im Ausland befand, versucht habe, dasselbe zu tun wie die oppositionellen Antikommunisten im Land. Das Bewusstsein der nationalen Identität zu wecken und den Boden für den Aufbau eines anderen, nicht kommunistischen Polens vorzubereiten.“
1991 verlieh Königin Elisabeth II. Panufnik den Adelstitel. Er starb am 27. Oktober 1991 an Krebs in seinem Haus in London. Posthum wurde ihm der Orden Polonia Restituta verliehen.
Seine Witwe, Lady Camilla Panufnik, Fotografin und Buchautorin, sagte 2014 anlässlich der Aufführung von Panufniks „Violinkonzert“ in Liverpool zum 100. Geburtstag des Komponisten, dass seine Musik von der polnischen Kultur durchdrungen sei:
„Ich denke, sie drückt die Sehnsucht nach seiner Heimat aus. Ich glaube auch, dass er das bis zu einem gewissen Grad nicht bewusst steuern konnte. Selbst wenn er sehr experimentelle Werke schrieb, kam diese Polnischkeit irgendwie immer zum Vorschein.“
In seinen Kompositionen strebte Panufnik stets nach einem Gleichgewicht zwischen Intellekt und Emotionen, dem er bis zum Ende seines Lebens treu blieb. Sein künstlerisches Credo formulierte er 1952:
„Musik ist der Ausdruck von Emotionen und Gefühlen. Mein Ideal ist ein Werk, in dem sich poetischer Inhalt mit der Perfektion des musikalischen Handwerks verbindet. Allein die Poesie entscheidet nicht über den Wert eines musikalischen Werkes, ebenso wie reines Handwerk Gefahr läuft, in tote und trockene Formeln zu verfallen. Zeitloses Schönes entsteht nur aus dem Gleichgewicht beider Elemente.“
PAP/jc