25. rok pontyfikatu upłynął pod znakiem encykliki "Ecclesia de Eucharystia", czyli "O eucharystii w życiu Kościoła", ogłoszonej w Wielki Czwartek, 17 kwietnia 2003. Ostatnia, czternasta encyklika Jana Pawła II, była reakcją na kryzys eucharystii wśród wielu wspólnot.
Jak pisał Jan Paweł II: "Istnieją bowiem miejsca, w których zauważa się prawie całkowity zanik praktyki adoracji eucharystycznej. Do tego dochodzą też tu i ówdzie, w różnych środowiskach kościelnych, nadużycia powodujące zaciemnianie prawidłowej wiary i nauczania katolickiego odnośnie do tego przedziwnego Sakramentu. Czasami spotyka się bardzo ograniczone rozumienie tajemnicy Eucharystii. Ogołocona z jej wymiaru ofiarniczego, jest przeżywana w sposób nie wykraczający poza sens i znaczenie zwykłego braterskiego spotkania. Poza tym niekiedy bywa zapoznana potrzeba posługi kapłańskiej, opierającej się na sukcesji apostolskiej, a sakramentalność Eucharystii zostaje zredukowana jedynie do skuteczności jej głoszenia. Stąd też, tu i ówdzie, pojawiają się inicjatywy ekumeniczne, które, choć nie pozbawione dobrych intencji, stosują praktyki eucharystyczne niezgodne z dyscypliną, w jakiej Kościół wyraża swoją wiarę. Jak więc w obliczu takich faktów nie wyrazić głębokiego bólu? Eucharystia jest zbyt wielkim darem, ażeby można było tolerować dwuznaczności i umniejszenia."
Według Ojca Świętego eucharystia objawia się jako "zwieńczenie wszystkich sakramentów, dzięki którym osiągamy doskonałą komunię z Bogiem Ojcem przez utożsamienie się z Jednorodzonym Synem, dzięki działaniu Ducha Świętego."
W zakończeniu encykliki papież wspomniał swoje pierwsze lata kapłaństwa i stosunek do eucharystii: "Od ponad pół wieku, począwszy od pamiętnego 2 listopada 1946 roku, gdy sprawowałem moją pierwszą Mszę św. w krypcie św. Leonarda w krakowskiej katedrze na Wawelu, mój wzrok spoczywa każdego dnia na białej hostii i kielichu, w których czas i przestrzeń jakby skupiają się, a dramat Golgoty powtarza się na żywo, ujawniając swoją tajemniczą teraźniejszość. Każdego dnia dane mi było z wiarą rozpoznawać w konsekrowanym chlebie i winie Boskiego Wędrowca, który kiedyś stanął obok dwóch uczniów z Emaus, ażeby otworzyć im oczy na światło, a serce na nadzieję (por. Łk 24, 13-35)."
25. rok pontyfikatu Jana Pawła II obfitował także w podróże zagraniczne. Papież odwiedził Hiszpanię (3-4 maja 2003), Chorwację (5-9 czerwca 2003), Bośnię i Hercegowinę (22 czerwca 2003) i Słowację (11-14 września 2003). Zwraca uwagę jednodniowa pielgrzymka do Bośni i Hercegowiny. W czasie mszy na przedmieściach Banja Luka Jan Paweł II wzywał do pojednania:
- Z tego miasta, które w swej historii doznało tak wielkich cierpień i było świadkiem obfitego rozlewu krwi, zanoszę błaganie do Wszechmogącego Pana, aby okazał miłosierdzie wobec win popełnionych przeciwko człowiekowi, jego godności i wolności, także przez synów Kościoła katolickiego, i by natchnął wszystkich pragnieniem wzajemnego przebaczenia. Tylko klimat prawdziwego pojednania pozwoli, by pamięć o licznych niewinnych ofiarach i ich najwyższe poświęcenie nie poszły na marne i były dla nas zachętą do nawiązywania nowych więzi opartych na braterstwie i zrozumieniu.
Beatyfikacja Matki Teresy z Kalkuty
19 października 2003, prawie dokładnie w 25. rocznicę wyboru Karola Wojtyły na papieża, Ojciec Święty celebrował mszę beatyfikacyjną Matki Teresy z Kalkuty. Uroczystość zgromadziła ponad 300 tysięcy wiernych i 26 delegacji rządowych. Wśród obecnych znaleźli się m.in. brat Roger Schulz z Taize i Jean Vanier, organizator wspólnot L’Arche.
W homilii Jan Paweł II przypomniał zasługi Matki Teresy z Kalkuty:
- Jestem osobiście wdzięczny tej mężnej kobiecie, której obecność czułem zawsze blisko siebie. Jako ikona Dobrego Samarytanina szła wszędzie, by służyć Chrystusowi w najuboższych i pośród ubogich. Ani konflikty, ani wojny nie były w stanie jej zatrzymać. Co jakiś czas przybywała, by opowiedzieć mi o swoich doświadczeniach w służbie wartościom ewangelicznym.
Pamiętam, na przykład, jak powiedziała po otrzymaniu pokojowej Nagrody Nobla:
"Jeśli usłyszycie, że jakaś kobieta nie chce urodzić swego dziecka i zamierza je usunąć, starajcie się przekonać ją, aby mi je przyniosła. Ja je będę kochała, widząc w nim znak Bożej miłości. (...) Świadectwo życia Matki Teresy przypomina wszystkim, że ewangelizacyjna misja Kościoła dokonuje się poprzez miłość, która jest karmiona modlitwą i słuchaniem Słowa Bożego. Bardzo wymownie ten styl misjonarski przedstawia obraz ukazujący nową błogosławioną, która jedną ręką trzyma dziecko, a w drugiej przesuwa paciorki różańca. Kontemplacja i działanie, ewangelizacja i promocja człowieczeństwa; Matka Teresa głosi Ewangelię swoim życiem w całości ofiarowanym ubogim, ale jednocześnie w całości spowitym w modlitwie."
Msza była ogromnym wydarzeniem religijnym i społecznym, transmitowało ją 77 stacji telewizyjnych z 48 krajów.
Grzegorz Sołtysiak (na podst."Ilustrowanego kalendarium Wielkiego Pontyfikatu")
