Ustawa z 1936 r. zakładała, że zarząd nad muzeum będzie sprawować Minister Spraw Wojskowych. Belweder – miejsce pracy i śmierci Józefa Piłsudskiego – został w dokumencie uznany za „przybytek narodowy”, a sam pałac wraz z dziedzińcem i parkiem miał zostać przekazany muzeum w zarząd i wieczyste użytkowanie z obowiązkiem zachowania go dla potomności w stanie nienaruszonym.
Placówki nie udało się jednak uruchomić przed wybuchem II wojny światowej. W kolejnych dekadach pamięć o Piłsudskim w Polsce Ludowej pozostawała tematem politycznie niewygodnym: w oficjalnym obiegu dominowała narracja krytyczna, a pozytywne upamiętnienie Marszałka było w praktyce niemożliwe. Dopiero przemiany po 1989 r. otworzyły drogę do stopniowego przywracania jego postaci do publicznej debaty i pamięci historycznej.
Na początku lat 90. córki Piłsudskiego – Jadwiga i Wanda – zaangażowały się w działania na rzecz trwałego upamiętnienia ojca i utworzenia muzeum jego imienia. Powstała Fundacja Rodziny Józefa Piłsudskiego, która postawiła sobie za cel ochronę i udostępnianie pamiątek po Marszałku, a także popularyzację jego dorobku i myśli politycznej. Kluczowym zadaniem stało się odzyskanie rodzinnego dworku „Milusin” w Sulejówku, gdzie Piłsudscy mieszkali w dwudziestoleciu międzywojennym.
Proces ten – jak podkreślali przedstawiciele Fundacji – nie był prosty, bo nieruchomość była skomunalizowana, a w dworku działało przedszkole, które należało przenieść. Kolejnym krokiem była renowacja budynku, przeprowadzona na początku XXI wieku. Szybko okazało się jednak, że sam „Milusin” jest zbyt mały, by pomieścić muzeum w kształcie, który miał opowiadać nie tylko o życiu prywatnym Marszałka, ale też o jego długiej drodze do niepodległości, sporach o kształt granic oraz roli w polityce II Rzeczypospolitej.
Stąd decyzja o budowie nowego obiektu w sąsiedztwie dworku. W 2008 r. podpisano porozumienie z Ministerstwem Kultury i Dziedzictwa Narodowego o wspólnym powołaniu instytucji o mieszanym charakterze – współprowadzonej przez Fundację i resort. Projekt wymagał długich starań o finansowanie, a także rozwiązań architektonicznych, które nie zdominują historycznego otoczenia: większa część budynku muzealnego została zaplanowana pod ziemią, a nad powierzchnią znalazły się m.in. hol główny i część pomieszczeń pomocniczych.
Muzeum Józefa Piłsudskiego w Sulejówku formalnie powołano do życia w 2009 r. Terminy otwarcia przesuwano kilkakrotnie, aż ostatecznie uroczyste otwarcie kompleksu odbyło się w połowie sierpnia 2020 r., w setną rocznicę Bitwy Warszawskiej. Według podawanych danych muzeum od otwarcia odwiedziły setki tysięcy osób.
Sercem opowieści o Marszałku jest wystawa stała „Dla Rzeczypospolitej. Józef Piłsudski 1867–1935” – chronologiczna narracja podzielona na galerie poświęcone kolejnym etapom życia i działalności Piłsudskiego, uzupełniona częścią pokazującą jego dziedzictwo w szerszym, symbolicznym wymiarze. Ekspozycja wykorzystuje zarówno oryginalne eksponaty, jak i elementy multimedialne – infografiki, cytaty, światło i dźwięk.
Kilkaset metrów dalej znajduje się sam dworek „Milusin”, zaprojektowany w latach 20. przez architekta Kazimierza Skórewicza w stylu nawiązującym do polskiej tradycji dworu. To właśnie tam Piłsudski wracał, gdy wycofał się z części obowiązków państwowych; obiekt także jest udostępniony zwiedzającym. W 2015 r. wróciły do niego oryginalne przedwojenne meble odnalezione w ośrodku Ministerstwa Obrony Narodowej w Helenowie.
Rok 2026 w muzeum ma przebiegać pod znakiem setnej rocznicy przewrotu majowego – jednego z najbardziej dramatycznych momentów w historii II RP. Zapowiedziano m.in. wystawę plenerową, która ma skłaniać do spojrzenia na wydarzenia z maja 1926 r. nie tylko jako na przełom polityczny, ale też jako starcie dwóch wizji odpowiedzialności za państwo – symbolizowanych przez Józefa Piłsudskiego i prezydenta Stanisława Wojciechowskiego, dawnych towarzyszy walki o niepodległość, których drogi rozeszły się bezpowrotnie.